Οι Φορείς Διαχείρισης ξεκίνησαν τη λειτουργία τους το 2003 με σκοπό τη διοίκηση και διαχείριση των προστατευόμενων περιοχών που συγκροτούν το οικολογικό δίκτυο Natura 2000, υποχρέωση που απορρέει από την Ευρωπαϊκή Οδηγία για τους Οικοτόπους. Είναι γεγονός ότι τα τελευταία χρόνια, πολλοί ΦΔ προσπαθούν να κινηθούν σε αυτήν την κατεύθυνση, ενώ, παράλληλα, έχουν συμβάλει θετικά στην ευαισθητοποίηση των πολιτών και την εξοικείωσή τουςμε τη έννοια των Προστατευόμενων Περιοχών.
Ωστόσο, πέντε χρόνια μετά, πολλή δουλειά απομένει ακόμα να γίνει, καθώς η λειτουργία των ΦΔ χαρακτηρίζεται από χρόνια και ουσιαστικά προβλήματα με χαρακτηριστικό παράδειγμα την ανεπαρκή ενασχόληση των αρμόδιων δημοσίων φορέων που έχουν αναλάβει το συντονισμό και την παρακολούθηση της δράσης των ΦΔ.
Όπως προκύπτει από την εμπειρία συμμετοχής της ΕΟΕ στους ΦΔ, ανάμεσα σε άλλα, τέσσερα φαίνεται ότι είναι τα βασικά σημεία που ευθύνονται για τη δυσλειτουργία τους:
- Θεσμικό καθεστώς: Το καθεστώς υπό το οποίο λειτουργούν οι ΦΔ από την ίδρυσή τους είναι ασαφές, κυρίως σε ό,τι αφορά τον προσδιορισμό και την οριοθέτηση των Προστατευόμενων Περιοχών. Συνεπώς, η έλλειψη νομικής κατοχύρωσης των ΦΔ δημιουργεί αβεβαιότητα και προσκόμματα στη λειτουργία τους.
- Εκπροσώπηση: Μολονότι το ΥΠΕΧΩΔΕ έχει τη συνολική ευθύνη των ΦΔ και υποχρεούται να εκπροσωπείται στο θεσμό, η ενεργός συμμετοχή του δια μέσου των εκπροσώπων του είναι ελλιπής και πολύ συχνά ανύπαρκτη.
- Βιωσιμότητα: Η σχεδόν αποκλειστική οικονομική εξάρτηση των ΦΔ από Ευρωπαϊκά Προγράμματα δεν διασφαλίζει τη βιωσιμότητά τους. Καμία πρόβλεψη για την εξασφάλιση εθνικών πόρων δεν έχει υπάρξει για τη σταθερή χρηματοδότησή τους.
- Διαφάνεια: Οι κανονισμοί λειτουργίας των ΦΔ συχνά δεν τηρούνται, δημιουργώντας προβλήματα στις διαδικασίες λήψης αποφάσεων και ερωτηματικά ως προς την οικονομική διαχείριση.
- Την επίσπευση των διαδικασιών θεσμοθέτησης ΦΔ, με την υπογραφή των Προεδρικών Διαταγμάτων που εκκρεμούν για τον προσδιορισμό και οριοθέτηση των Προστατευόμενων Περιοχών.
- Την έμπρακτη αναγνώριση της σημασίας των Φορέων Διαχείρισης, μέσω της αναβάθμισης της ενεργού συμμετοχής του ΥΠΕΧΩΔΕ σε αυτούς.
- Τη δημιουργία ενός Πράσινου Ταμείου για τη διασφάλιση της βιωσιμότητάς τους.
- Την αυστηρή τήρηση των κανόνων λειτουργίας των ΦΔ με σκοπό την διασφάλιση διαφανών διαδικασιών λήψης αποφάσεων και οικονομικού απολογισμού.